El proyecto Geoparque Mixteca Alta surgió de la participación conjunta de autoridades municipales, instituciones educativas y de la población local con el fin de desarrollar un esquema de aprovechamiento sustentable de los recursos. Surgió con dos enfoques, uno educativo, que permitiera dar a conocer el extraordinario patrimonio natural y social-histórico de la región y otro geoturístico, concebido como una herramienta que contribuya al bienestar de sus habitantes.

El proyecto nace en el Municipio de Santo Domingo Yanhuitlán, en donde se ubica la sede central del Geoparque, y posteriormente se incorporaron otros ocho municipios.