El Geoparque Mixteca Alta está situado en la región geológica más compleja de México, en el límite de dos terrenos tectonoestratigráficos, y se compone de rocas metamórficas del Precámbrico y Paleozoico, y plutónicas que componen el complejo de basamento, compuesto de rocas del Mesozoico y Cenozoico, flujos de rocas volcánicas y sedimentos continentales.

Se encuentra en la provincia fisiográfica Sierra Madre del Sur, una región montañosa limitada al norte por el Cinturón Volcánico Mexicano cuenta con algunos de los vestigios más importantes de la cultura mesoamericana y se caracteriza por una variedad de formas erosivas fuertemente relacionadas con la agricultura tradicional llevada a cabo desde hace más de 3500 años. A través de estas características, la relación entre la geología y la sociedad se promueve entre los miembros del público en general y especializado. Los geositios incluyen barrancos, badlands, anfiteatros erosivos derivados de los procesos fluviales y remoción de masa, depósitos aluviales, paleosuelos, rasgos magmáticos y ejemplos de meteorización esferoidal.